论文查重软件的算法原理是通过比对文本之间的相似度来判断是否存在抄袭现象。其核心算法包括基于文本的词频统计、N-gram模型、余弦相似度计算等。通过这些算法，软件可以有效地检测出文本中的重复部分，并给出相应的重复率。

另外，论文查重软件还会采用一些高级算法，如基于语义的相似度计算、基于特征的模式匹配等，以应对一些改写、改词等抄袭手段。这些算法的运用使得论文查重软件在判断文本相似度方面更加准确和全面。